De Stichting Vlaamse Schoolsport heeft een samenwerkingsverband met:
Ook met een aantal sportfederaties bestaat er een samenwerkingsverband:
Koninklijke Belgische Korfbalbond
GymnastiekFederatie Vlaanderen vzw
Vlaamse Tafeltennisliga v.z.w.
Vlaamse Tennisvereniging
Vlaamse Squashfederatie vzw
Sporcrea v.z.w. afdeling K.V.K.T.
Vlaamse Badmintonliga
Vlaamse Atletiekliga
Vlaamse Zaalvoetbalbond
Wielerbond Vlaanderen
Vlaamse rugbybond
Vlaamse verbond voor Oriënteringssporten
Vlaamse Zwemfederatie
Koninklijke Belgische Voetbalbond
Vlaamse Vereniging voor Golf
Vlaamse Handbal Vereniging
Vlaamse Minivoetbalfederatie
Vlaamse Krachtbal en Recreatiesport Liga vzw
Petanque Federatie Vlaanderen
Vlaamse Liga Gehandicaptensport
Vlaamse Reddingscentrale
Vlaamse Yachting Federatie
Vlaams Bureau voor Sportbegeleiding vzw
